そもそも「から」とは、順序や範囲の始まりや、起点などを表す言葉です。

そう考えると、「1万円から」というのは不思議な言い回しであることがわかります。
「まず1万円『から』お預かりして、その後にも預かるものが続く」のか、「このあとお釣りを返す」ことを省略しているのか。いずれにしろ、何が「から」なのかが曖昧です。

「から」をつけると、断定を避けた丁寧な表現に思えるかもしれませんが、「から」がなくても十分に通用するところです。
お客さまのお金をやりとりするという、大切な確認の場面なので、なおさらスッキリとわかりやすく、お客さまにお伝えしましょう。

ちなみに、「お預かりする」には、「一時的に預かり、残りのお釣りを返す」という意味が含まれますので、代金ちょうどを受け取った場合は「ちょうどお預かりします」ではなく、「ちょうどいただきます」というのが適切です。